Una de las principales carencias y debilidades del Programa Escuela Nueva en Colombia se deriva de la inadecuación del proceso de Planeación, Producción y  Evaluación de las Guías y otros materiales de aprendizaje.

El énfasis en la gestión administrativa del Programa Escuela Nueva ha descuidado el fortalecimiento del necesario apoyo intelectual, técnico y  metodológico (investigación, evaluación, innovación, etc), por lo que es escasa e insuficiente la autoevaluación, la reflexión crítica y la capacidad de innovación.

Al carecer de personal altamente calificado y experimentado en investigación, evaluación y diseño de materiales, la estrategia comúnmente utilizada para la revisión y adaptación de las Guías consiste en la contratación de un especialista en determinada área curricular, asesorado por alguien con experiencia en la metodología Escuela Nueva.

En la evaluación se enfatizan aspectos de índole administrativa tales como: el suministro de materiales educativos, la construcción, el mobiliario, el grado de cumplimiento de las metas de cobertura, etc.; descuidando los aspectos cualitativos de la metodología de autoaprendizaje.

La contradicción entre los valores y actitudes hacia el aprendizaje, adquiridos por muchos estudiantes durante el Primer grado, y la filosofía y metodología de la Escuela Nueva vigente desde el Segundo grado.

También se dan algunos problemas relacionados con los contenidos: debido a las carencias de apoyo institucional (investigación, evaluación...), anteriormente analizadas, se presentan muchas críticas a los contenidos curriculares de las Guías en algunas áreas del conocimiento.

Las evaluaciones y revisiones de las Guías son muy demoradas e inadecuadas.

Muchos contenidos de las Guías son cuestionados por no haber sido oportunamente renovados y actualizados, lo que implica tanto su obsolescencia, como su desadaptación con los nuevos contenidos requeridos en el curriculum oficial.

Inadecuación del tipo de formación recibida en la experiencia de la Escuela Nueva con los conocimientos requeridos en la educación secundaria.